Ci vogliono fino a 24 ore per cambiare l'equilibrio di potere nel nostro intestino. Il passaggio a una dieta basata esclusivamente su carne o vegetali provoca rapidi cambiamenti ai microbi che regolano il nostro intestino. Il corpo umano contiene una comunità di vari organismi noti come microbioma. Queste cellule microbiche sono più numerose delle nostre cellule in un rapporto da 10 a 1 e colonizzano per la maggior parte il nostro intestino. Peter Turnbaugh presso la Harvard University e i suoi colleghi hanno studiato i cambiamenti nella dieta e il suo effetto sui microbi nell'intestinodei topi. Nel caso della dieta a base animale, hanno visto un aumento del batterio Bilophila wadsworthia, che aiuta la digestione dei grassi saturi nel latte. Tuttavia, un incremento di questi batteri è stato collegato ad una malattia infiammatoria intestinale. Il passaggio a una dieta a base vegetale, indotto da un aumento del numero di batteri che producono un acido grasso chiamato butirrato, sembra ridurre l'infiammazione. Harry Flint presso l'Università di Aberdeen, Regno Unito, afferma che il butirrato si pensi possa ridurre il rischio di cancro del colon-retto, stimolando la salute delle cellule che rivestono l'intestino e spingendo le cellule cancerose ad autodistruggersi. È interessante notare che le modifiche ai microbiomi nell’intestino avevano breve. Si è notato che tornavano alla struttura originaria circa due giorni dopo che le persone tornavano alla loro dieta normale.